小规模运输公司开具发票的步骤如下：
1. 注册纳税人：首先，小规模运输公司需要向当地税务部门注册为纳税人，并获得纳税人识别号。
2. 设计发票样式：根据税务部门的规定，设计发票样式，包括公司名称、纳税人识别号、发票号码、开票日期、商品或服务的名称、数量、单价、金额等必要信息。
3. 开具发票：根据实际交易情况，填写发票上的相关信息。包括购货方名称、纳税人识别号、地址、电话等信息；商品或服务的名称、数量、单价、金额等信息；发票金额、税额等信息。
4. 印刷发票：将填写好的发票信息进行印刷，确保发票的质量和准确性。
5. 盖章和签字：在发票上加盖公司公章，并由开票人签字确认。
6. 存档备查：将开具的发票存档备查，按照规定的时间和方式进行归档。
7. 报税申报：根据税务部门的规定，按时将发票信息报送到税务部门，进行纳税申报。

需要注意的是，小规模运输公司在开具发票时应遵守相关的税收法规和税务部门的要求，确保发票的合法性和准确性。同时，还应保留好发票的相关凭证和备查资料，以备税务部门的查验。