南京二手房个税计算公式如下：

个税=（房屋交易价格-房屋原价）×适用税率-速算扣除数

其中，房屋交易价格是指二手房的实际成交价格；房屋原价是指购买二手房时的原价，一般是指购房合同中的价格；适用税率根据购房年限确定，具体如下：
1. 购房满5年及以上：适用税率为1%
2. 购房不满5年：适用税率为2%

速算扣除数根据购房年限确定，具体如下：
1. 购房满5年及以上：速算扣除数为0
2. 购房不满5年：速算扣除数为房屋交易价格×70%

需要注意的是，南京二手房个税计算公式中的房屋交易价格和房屋原价都是指人民币金额，且个税计算结果需四舍五入取整数。