处理二手货输入机的折旧费用应该计入固定资产折旧科目。固定资产折旧科目是用来记录固定资产在使用过程中的价值递减的费用，包括折旧、摊销和减值等。折旧费用是指固定资产在使用过程中由于使用磨损、技术进步等原因而导致的价值减少所发生的费用。将二手货输入机的折旧费用计入固定资产折旧科目可以准确地反映该资产的价值递减情况，并在财务报表中体现出来。