农村合作社专项应付款的支付方式有以下几种：
1. 现金支付：即直接使用现金进行支付，可以通过现金支票、现金转账等方式进行。
2. 银行转账支付：将款项直接从合作社的银行账户转账到收款人的银行账户。
3. 网上银行支付：通过互联网银行系统进行支付，可以直接从合作社的银行账户向收款人的银行账户转账。
4. 支票支付：合作社可以开具支票，然后将支票交给收款人进行兑现。
5. 承兑汇票支付：合作社可以开具承兑汇票，然后将汇票交给收款人进行兑现。

需要根据具体情况选择合适的支付方式，并确保支付过程合规、安全。同时，合作社还需要保留支付凭证和相关的支付记录，以备查证和核对。