当企业存在进项税额大于销项税额的情况时，可以将多余的进项税额按照以下两种方式进行处理：
1. 归还多余进项税额：企业可以将多余的进项税额退还给税务机关。此时，应按照以下分录进行处理：
借：应交税费-增值税
贷：应付账款
2. 抵扣多余进项税额：企业可以将多余的进项税额抵扣下期的应缴税额。此时，应按照以下分录进行处理：
借：应交税费-增值税
贷：应交税费-进项税额可抵扣

需要注意的是，抵扣多余进项税额时，应按照税务规定的抵扣比例进行抵扣，并且抵扣的时间限制也需要遵守税务规定。