补交上一年度增值税的会计凭证处理如下：
1. 在记账凭证中，增加一张“补交增值税凭证”，记载补交的增值税金额和相关信息。
2. 在借方列账户为“应交税费”（或类似科目），表示应交增值税的金额。
3. 在贷方列账户为“银行存款”（或类似科目），表示支付补交增值税的金额。
4. 根据实际情况，可能还需要在其他科目中进行相应的借贷方记账。

需要注意的是，补交增值税的会计凭证应当与原始的增值税凭证相对应，并在凭证号码上进行标注，以便于审计和核对。此外，补交增值税的会计凭证应当及时处理，并在会计账簿中进行记录，以确保账务的准确性和完整性。