5开头的电子银行承兑汇票与传统纸质银行承兑汇票相比有以下几个区别：
1. 形式：5开头的电子银行承兑汇票是以电子形式存在的，而传统纸质银行承兑汇票是以纸质形式存在的。
2. 存储方式：电子银行承兑汇票是以电子数据的形式存储在银行的系统中，而传统纸质银行承兑汇票是以纸张的形式存储。
3. 流转方式：电子银行承兑汇票可以通过电子渠道进行流转，如互联网银行、手机银行等，而传统纸质银行承兑汇票需要通过实体传递和交换。
4. 使用便利性：电子银行承兑汇票可以随时随地通过互联网进行查询、交易和管理，使用更加便利和灵活；而传统纸质银行承兑汇票需要实体交换，使用相对不如电子银行承兑汇票方便。
5. 安全性：电子银行承兑汇票通过数字签名和加密技术保障交易安全，可以有效防止伪造和篡改；而传统纸质银行承兑汇票容易受到伪造和篡改的风险。

需要注意的是，虽然5开头的电子银行承兑汇票在形式和存储方式上与传统纸质银行承兑汇票有所不同，但其法律效力和用途与传统纸质银行承兑汇票是一样的。