银行保函和银行承兑汇票在支付方式上有以下差异：
1. 银行保函：银行保函是一种银行为受益人提供的担保工具，确保履行合同或支付款项。在支付方式上，银行保函是一种无条件支付方式，即受益人可以直接向银行要求支付款项，而无需提供其他条件或文件。
2. 银行承兑汇票：银行承兑汇票是一种由银行签发并承兑的汇票，用于支付货款或履行合同。在支付方式上，银行承兑汇票是一种有条件支付方式，即持有人只能在汇票到期日或特定条件满足时向银行要求支付款项。

总结起来，银行保函是一种无条件支付方式，而银行承兑汇票是一种有条件支付方式。