施工全过程跟踪审计是指对建筑施工项目从开始到结束的整个过程进行审计。主要挑战包括以下几个方面：
1. 复杂的合同和支付结构：建筑施工项目通常涉及多个合同和支付结构，包括总包合同、分包合同、供应商合同等。审计人员需要全面了解这些合同和支付结构，并确保其合规性和准确性。
2. 多方参与和信息交流：建筑施工项目涉及多个参与方，包括业主、设计师、承包商、供应商等。审计人员需要与各方进行有效的信息交流，并确保各方之间的合作和沟通顺畅。
3. 施工过程的复杂性：建筑施工项目的过程复杂，包括土地准备、设计、采购、施工、竣工等多个阶段。审计人员需要全面了解每个阶段的具体要求和流程，并确保每个阶段的合规性和准确性。
4. 资金的管理和监控：建筑施工项目通常涉及大量的资金流动，包括预付款、进度款、尾款等。审计人员需要对资金的管理和监控进行全面的跟踪和审计，确保资金的使用合规和准确。
5. 风险管理和控制：建筑施工项目存在一定的风险，包括工期延误、质量问题、变更管理等。审计人员需要对这些风险进行全面的管理和控制，确保项目的顺利进行和风险的最小化。

综上所述，施工全过程跟踪审计的主要挑战是合同和支付结构的复杂性、多方参与和信息交流的困难、施工过程的复杂性、资金的管理和监控以及风险管理和控制。审计人员需要具备全面的专业知识和技能，以应对这些挑战并确保审计工作的有效进行。