工程审计的工作流程包括以下主要步骤：
1. 确定审计目标和范围：确定需要审计的工程项目或阶段，并明确审计的目标和范围。
2. 收集相关资料：收集与工程项目相关的文件、合同、报告、付款记录等资料，以便进行审计。
3. 进行初步调查：对工程项目进行初步调查，了解项目的背景、目标、计划和执行情况。
4. 制定审计计划：根据审计目标和范围，制定详细的审计计划，包括审计方法、时间安排、审计程序等。
5. 进行实地考察：实地考察工程项目的现场，了解工程进展情况、质量控制、安全措施等。
6. 进行数据分析：对收集到的相关数据进行分析，包括财务数据、工程量数据、进度数据等，以评估工程项目的经济效益和风险。
7. 进行核实和检查：核实工程项目的各项数据和记录的准确性和完整性，检查合同和付款的合规性。
8. 发现问题和风险：根据审计的结果，发现工程项目存在的问题和潜在风险，并提出相应的建议。
9. 编写审计报告：根据审计结果，编写审计报告，包括审计的目的、范围、方法、发现的问题和建议等。
10. 提供意见和建议：根据审计报告，向相关方提供意见和建议，帮助他们改进工程项目的管理和执行。
11. 跟踪审计结果：跟踪工程项目的改进情况，确保审计结果得到有效的落实和监督。

以上是工程审计的主要步骤，具体的工作流程可能会根据不同的情况和要求有所调整。