在建工程三级明细科目中，直接材料和间接材料的区分主要取决于它们与工程的直接关联程度。

直接材料是指在施工过程中直接用于工程生产的原材料，如水泥、砂石、钢筋等，这些材料的使用量可以直接与工程的产出量相对应，因此它们的成本可以直接计入工程成本中。

间接材料则是指在施工过程中不直接用于工程生产的原材料，如办公用品、清洁用品、修理工具等，这些材料的使用量无法直接与工程的产出量相对应，因此它们的成本应该计入间接费用中。

在实际操作中，建议按照以下步骤进行区分：
1. 对所有采购的材料进行分类，将直接材料和间接材料分开计算。
2. 对于直接材料，应该按照工程生产的需要进行计量和计价，并将其成本计入工程成本中。
3. 对于间接材料，应该按照实际使用量进行计量和计价，并将其成本计入间接费用中。

需要注意的是，直接材料和间接材料的区分应该根据实际情况进行，不同行业、不同工程的情况可能会有所不同，需要结合具体情况进行分析和判断。