在工程结算中，工程进度款和竣工结算款都是重要的支付方式。以下是处理这两种款项的步骤：
1. 工程进度款
工程进度款是指在工程进展的过程中，按照合同约定支付的款项。通常，工程进度款的支付是分期进行的，每个阶段的支付比例也是合同中规定的。
在处理工程进度款时，需要注意以下几点：
- 确认合同约定的支付比例和时间节点。
- 根据合同约定的支付比例和时间节点，编制工程进度款的支付计划。
- 确认工程进度款的支付依据，包括工程量清单、施工进度报告等。
- 在支付工程进度款时，需要核对支付金额和支付时间是否符合合同约定。
2. 竣工结算款

竣工结算款是指工程完工后，根据合同约定进行的最后一次结算款项。通常，竣工结算款的支付是在工程完工后进行的，支付金额包括工程量清单中未结算的部分和变更额等。

在处理竣工结算款时，需要注意以下几点：

- 确认合同约定的结算方式和时间节点。
- 根据合同约定的结算方式和时间节点，编制竣工结算款的支付计划。
- 确认竣工结算款的支付依据，包括工程量清单、变更单等。
- 在支付竣工结算款时，需要核对支付金额和支付时间是否符合合同约定。

总之，在处理工程进度款和竣工结算款时，需要严格按照合同约定进行，并注意核对支付金额和支付时间是否符合合同规定。