主营业务税金及附加科目是企业在经营过程中需要缴纳的各种税费，包括增值税、营业税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税等。正确处理这些科目的方法如下：
1. 根据税收法规和政策，正确计算应缴纳的各项税费。
2. 在会计科目中设置相应的主营业务税金及附加科目，将各项税费分别计入对应的科目中。
3. 在会计账簿中及时记录各项税费的发生情况，包括税费的名称、税率、计算方式、缴纳时间等。
4. 在税费缴纳时，按照税务部门的要求填写税务申报表，并及时缴纳税费。
5. 在会计报表中，将主营业务税金及附加科目计入成本或费用，反映企业经营成本和费用的真实情况。

总之，正确处理主营业务税金及附加科目是企业会计工作中的一个重要环节，需要严格按照税收法规和会计准则的要求进行处理，确保企业的财务报表真实、准确和合法。