对于小规模企业来说，应交税费二级科目的余额可以按照以下方式处理：
1. 如果该余额是因为上期留抵的，则需要在本期计提的应交税费中扣除相应的留抵金额。
2. 如果该余额是因为本期计提的应交税费未及时缴纳导致的，则需要在下期的应交税费中加上该余额。
3. 如果该余额是因为应交税费计提错误导致的，则需要进行相应的调整，将计提金额与实际应交税费金额进行核对，将多计提或少计提的部分进行调整。

需要注意的是，对于小规模企业来说，应交税费二级科目的余额是一个非常重要的指标，需要及时进行核对和调整，以确保企业的财务状况和税务合规性。