差额征税是指纳税人按照销售额与进项税额的差额计算应纳税额的一种税收征收方式。在物业公司计算水费的应纳税额时，需要按照以下步骤进行：
1.首先，物业公司需要计算水费的销售额。水费的销售额是指物业公司向业主收取的水费金额，不包括增值税。
2.然后，物业公司需要计算水费的进项税额。水费的进项税额是指物业公司向供水公司支付的水费金额中包含的增值税。
3.计算差额。差额等于水费的销售额减去水费的进项税额。
4.计算应纳税额。应纳税额等于差额乘以增值税税率。

例如，假设物业公司向业主收取水费1000元，向供水公司支付的水费中包含的增值税为100元，增值税税率为13%。那么，物业公司的应纳税额为（1000-100）*13%=117元。

需要注意的是，差额征税方式下，物业公司需要保留相关的销售和进项税票据，并按照税法规定的期限进行申报和缴纳税款。