农产品加计扣除1%的金额计算方法如下：
1. 首先需要确定农产品的销售收入金额。
2. 然后将销售收入金额乘以1%，得到加计扣除的金额。
3. 最后，将加计扣除的金额从销售收入金额中减去，得到实际应纳税所得额。

例如，某农民销售了10000元的农产品，那么加计扣除的金额为10000×1%=100元，实际应纳税所得额为10000-100=9900元。