小规模纳税人应交增值税的三级科目包括：
1. 应交增值税（主营业务收入×税率）
2. 减：已抵扣进项税额
3. 应缴增值税（应交增值税-已抵扣进项税额）

其中，主营业务收入是指小规模纳税人在一定期间内从销售商品或提供劳务中实际收到的款项，税率为3%或5%（根据不同行业和地区可能有所不同）。已抵扣进项税额是指小规模纳税人在购买商品或接受劳务时支付的增值税，可以在应交增值税中予以抵扣。应缴增值税是指小规模纳税人最终需要向税务机关缴纳的增值税金额。