物业水费差额征税是指物业管理公司向业主收取的物业费和水费超过实际支出的部分，按照增值税税率征收增值税的税种。

计算方法如下：
1. 首先，需要计算出实际支出的物业费和水费。物业费和水费的支出应当与业主签订的合同或者协议中约定的费用一致。
2. 然后，计算出物业管理公司向业主收取的物业费和水费总额。
3. 最后，将实际支出的物业费和水费总额减去物业管理公司向业主收取的物业费和水费总额，得到差额部分。差额部分按照增值税税率征收增值税。

例如，某物业管理公司向业主收取了1000元的物业费和500元的水费，实际支出的物业费和水费总额为800元和400元，差额部分为700元。按照13%的增值税税率计算，应当征收91元的增值税（700元×13%）。