小规模纳税人缴纳税款的账户应当按照以下步骤处理：
1. 在会计账簿中开设一个名为“小规模纳税人缴纳税款”的专用账户。
2. 每次小规模纳税人缴纳税款时，应当将其存入该专用账户。
3. 在纳税申报时，将该专用账户中的缴纳税款作为应纳税额进行申报。
4. 在税务机关核定后，将该专用账户中的缴纳税款转入税务机关指定的账户中。

需要注意的是，小规模纳税人缴纳税款的账户应当与企业的其他账户分开管理，以确保资金的安全性和准确性。同时，在处理该账户时，应当遵守税务机关的相关规定和要求。