自查补缴增值税的会计凭证处理如下：
1. 首先，在会计科目中找到应交增值税科目，对应的会计科目应为“应交增值税”（借方）和“银行存款”（贷方）。
2. 然后，在凭证上填写补缴增值税的金额，填写在“应交增值税”借方的栏目中。
3. 接着，在“银行存款”贷方的栏目中填写补缴增值税的金额。
4. 最后，对凭证进行审核、记账和归档。

需要注意的是，自查补缴增值税的会计凭证应该及时处理，以确保账务的准确性和合规性。同时，还需要按照国家税务部门的规定，及时申报并缴纳相应的税款。