在工程项目成本结转中，已经发生的间接费用可以按照以下两种方式进行处理：
1. 分摊到各个项目阶段：将已经发生的间接费用按照各个项目阶段的工作量或者成本比例进行分摊，计入相应的项目成本中。这种方式可以更加准确地反映出项目各个阶段的实际成本，但是需要进行比较繁琐的计算和核算。
2. 统一计入项目总成本：将已经发生的间接费用直接计入整个项目的总成本中，不进行分摊。这种方式比较简单，但是可能会导致项目各个阶段的实际成本与实际情况不太相符。

需要注意的是，无论采用哪种方式，都需要在项目结算时进行核算和调整，以确保项目成本的准确性和合理性。