在委托加工入库的过程中，加工费用的计算方式应当根据以下几个方面来确定：
1. 加工费用的计算基础：加工费用的计算基础通常是以加工厂的收费标准为基础，按照加工的工序、加工的数量、加工的时间等因素来计算。
2. 加工费用的结算方式：加工费用的结算方式通常有两种，一种是按照加工的数量来结算，即每件产品的加工费用是一定的；另一种是按照加工的时间来结算，即每小时的加工费用是一定的。
3. 加工费用的计算公式：加工费用的计算公式应当根据加工的工序、加工的数量、加工的时间等因素来确定，一般情况下，计算公式为：加工费用 = 加工数量 × 单位加工费用 或 加工费用 = 加工时间 × 单位时间加工费用。
4. 加工费用的确认方式：加工费用的确认方式通常有两种，一种是在加工完成后由加工厂出具加工费用清单，然后由委托方进行确认；另一种是在加工过程中由委托方与加工厂共同确认加工费用。

总之，在确定加工费用的计算方式时，应当根据具体情况进行综合考虑，确保计算方式合理、公正、准确。