在小企业会计准则下，增值税科目的核算方式主要包括以下几种：
1. 增值税进项税额：即企业从供应商处购进的货物或接受的劳务所含增值税税额，可以作为企业的应交增值税抵扣，也可以作为待抵扣进项税额。
2. 增值税销项税额：即企业销售货物或提供劳务所含增值税税额，应作为企业的应交增值税计入贷方，同时也可以作为待抵扣销项税额。
3. 待抵扣进项税额：即企业购进货物或接受劳务所含增值税税额，但由于某些原因不能作为应交增值税抵扣的税额，可以作为待抵扣进项税额。
4. 待抵扣销项税额：即企业销售货物或提供劳务所含增值税税额，但由于某些原因不能作为应交增值税计入贷方的税额，可以作为待抵扣销项税额。
5. 应交增值税：即企业根据销售额和进项税额计算出来的应交增值税税额，应作为企业的负债计入贷方。
6. 进项税额转出：即企业购进货物或接受劳务所含增值税税额，但由于某些原因不能作为应交增值税抵扣的税额，可以转出给其他纳税人抵扣。

以上就是小企业会计准则下增值税科目的主要核算方式。