补付工程款的会计处理中需要注意以下会计核算原则：
1. 会计确认原则：应当在实际支付工程款时确认相关的费用，而不是在发生工程款时确认费用。
2. 会计实体原则：应当将工程款的支付和相关的费用确认记录在企业的会计账簿中。
3. 会计期间原则：应当在支付工程款的当期确认相关的费用。
4. 成本匹配原则：应当将工程款的支付和相关的费用进行匹配，以便在正确的会计期间反映企业的经济实际情况。
5. 真实性原则：应当保证工程款的支付和相关的费用真实、准确、完整地反映企业的经济实际情况。
6. 一致性原则：应当按照企业一贯的会计政策和方法进行处理，确保会计处理的一致性。