补付工程款的会计处理与普通工程款的处理有所不同。普通工程款是指在工程项目进行过程中，企业按照合同约定的进度和标准向承包商支付的款项，而补付工程款是指在工程项目已经完工的情况下，因为某些原因需要向承包商支付的额外款项。

具体来说，补付工程款的会计处理如下：
1. 根据补付工程款的金额，将其计入相关的成本科目中，如工程施工成本、材料成本等。
2. 如果补付工程款已经在普通工程款中计入过，需要将其从普通工程款中扣除。
3. 如果补付工程款的支付时间与普通工程款的支付时间不同，需要分别计入不同的会计期间中。
4. 如果补付工程款的支付方式与普通工程款的支付方式不同，需要分别进行不同的会计处理，如现金支付和银行转账支付等。

需要注意的是，补付工程款的会计处理需要根据具体情况进行调整，以符合会计准则和企业的实际情况。