在同一控制企业合并比较报表中，被合并方的未确认损益应当在合并时确认为合并日的净资产。具体处理方法如下：
1. 识别被合并方的未确认损益
被合并方的未确认损益是指在合并日前已经发生但未确认的损益，例如：被合并方在合并日前已经发生的应收账款坏账准备、存货跌价准备等。
2. 确认为合并日的净资产

被合并方的未确认损益应当在合并时确认为合并日的净资产，计入合并日的净资产总额。这是因为合并日后，被合并方的净资产已经包含了未确认损益。

3. 调整合并日的合并表

在编制合并比较报表时，需要调整合并日的合并表，将被合并方的未确认损益计入合并日的净资产总额。同时，需要将调整数列入合并表中，以便用户了解合并比较报表中的数据来源。

需要注意的是，被合并方的未确认损益只有在同一控制企业合并中才能确认为净资产，如果是其他类型的企业合并，应当按照相关会计准则的规定进行处理。