主营业务成本可以设置为二级科目。在会计科目设置中，主营业务成本是一项重要的成本科目，通常包括原材料、直接人工、制造费用等，对于企业的成本核算和管理具有重要的作用。为了更好地管理和控制成本，可以将主营业务成本设置为二级科目，以便更加细致地管理和分析各项成本。同时，二级科目的设置也有利于财务报表的编制和分析，能够更加准确地反映企业的经营状况和财务状况。