自然灾害造成的损失应当计入损失科目，例如：
1. 自然灾害造成的房屋损失，应当计入固定资产损失科目；
2. 自然灾害造成的库存商品损失，应当计入存货损失科目；
3. 自然灾害造成的应收账款损失，应当计入坏账损失科目。

需要注意的是，在计算企业损失的时候，应当先进行评估和核算，确定损失的具体金额，再将其计入相应的科目中。同时，应当及时报告保险公司，以便获得相应的赔偿。