小规模纳税人减免增值税的会计分录如下：

借：应交增值税-减免税款
贷：应交税费-增值税

具体操作步骤如下：
1. 在会计凭证中，选择借方科目为应交增值税-减免税款，填写减免税款的金额。
2. 在贷方科目中选择应交税费-增值税，填写应交增值税的金额。
3. 确认凭证无误后，保存并审核凭证。
4. 在会计账簿中，将借方金额和贷方金额分别填入应交增值税-减免税款和应交税费-增值税的账户中。

以上是小规模纳税人减免增值税的会计分录及操作步骤，希望能够帮助你。