事业单位会计制度与企业会计制度的不同主要体现在以下几个方面：
1. 会计主体不同：事业单位是以提供公共服务为目的的非营利组织，而企业是以盈利为目的的经营组织。
2. 会计核算对象不同：事业单位的核算对象主要是预算项目，而企业的核算对象是经济业务。
3. 会计核算方法不同：事业单位采用预算管理制度，以预算为基础进行会计核算；而企业采用成本管理制度，以成本为基础进行会计核算。
4. 财务报表不同：事业单位主要报告预算执行情况，而企业主要报告经济业务的收入、成本、利润等。
5. 财务监管机构不同：事业单位的财务监管机构是财政部门，而企业的财务监管机构是税务部门。

总之，事业单位会计制度与企业会计制度的不同主要在于其性质、核算对象、核算方法、财务报表和财务监管机构等方面。