土地增值税清算中的开发间接费用包括土地开发过程中的各种间接费用，如设计费、勘察费、监理费、环评费、审图费、规划费、招标代理费、保险费、工程管理费、水电气费等。

计算开发间接费用的方法如下：
1. 首先，需要将土地开发过程中发生的所有间接费用进行分类和汇总。
2. 接着，需要按照土地开发项目的实际情况，将这些间接费用分摊到不同的工程项目中。
3. 然后，需要按照不同的工程项目，将分摊到该工程项目的间接费用进行计算，并将其加入到该工程项目的总成本中。
4. 最后，需要将所有工程项目的总成本加总，得出土地增值税清算中的开发间接费用总额。

需要注意的是，计算开发间接费用时，需要考虑到土地开发项目的实际情况，尽可能准确地进行分摊和计算，以确保土地增值税清算的准确性和合法性。