年终奖单独计税和合并计税的区别在于计税方式不同。
1. 单独计税
单独计税是指将年终奖按照当月工资标准计算个税，即将年终奖额单独计算个人所得税，与平时的工资分开计算纳税。这种方式适用于年终奖金额较大的情况，可以减少个人所得税的负担。
2. 合并计税

合并计税是指将年终奖和平时的工资合并计算个税，按照税法规定的年度累计应纳税所得额进行计算，然后再按照税率计算个人所得税。这种方式适用于年终奖金额较小的情况，可以避免个人所得税的跨越式增加。

需要注意的是，根据税法规定，年终奖的个人所得税计算方式应当由企业和个人共同选择，但是一旦选择了计税方式，就必须在全年内保持一致，不能随意更改。