商标注册费用应当按照实际发生的原则入账。如果商标注册费用已经支付，但是商标还没有注册成功，那么应当将该费用先暂时计入“待摊费用”科目中，待商标注册成功后再按照实际使用期限分摊到未来的会计期间中。

具体操作步骤如下：
1. 在会计科目中设置一个“待摊费用”科目，用于暂时计入商标注册费用。
2. 在支付商标注册费用时，将该费用计入“待摊费用”科目中。
3. 在商标注册成功后，按照商标的使用期限分摊该费用到未来的会计期间中。比如商标使用期限为10年，那么每年应当分摊1/10的费用到当期的“商标使用费用”科目中。
4. 在商标使用期限结束后，将“商标使用费用”科目中的余额清零，以表示该商标的使用费用已经全部分摊完毕。

需要注意的是，在商标注册费用还没有注册成功之前，不应当将该费用计入“固定资产”或“无形资产”科目中。因为商标还没有注册成功，其价值还不确定，不能作为资产计入会计报表。