小规模纳税人的增值税申报表中，免税收入需要填写在第一栏“应税销售额及税额”中，即填写在“3.1 其中：应税销售额”一栏中。填写时需要注意以下几点：
1. 在“3.1 其中：应税销售额”一栏中填写的是应税销售额，而不是免税销售额，因此需要将免税销售额转换为应税销售额。转换公式为：免税销售额÷（1+增值税税率）。
例如，某小规模纳税人本期免税销售额为1000元，增值税税率为3%，则应税销售额为：1000÷（1+0.03）=970.87元。
2. 在填写“3.1 其中：应税销售额”一栏时，需要将应税销售额和增值税税额分别填写在“3.1.1 应税销售额”和“3.1.2 应纳税额”两栏中。
3. 在填写“3.1 其中：应税销售额”一栏时，需要将本期的免税销售额和不征税销售额合并填写。不征税销售额是指按照国家规定免征增值税的销售额，例如农产品销售额等。

总之，填写小规模纳税人增值税申报表时，需要将免税销售额转换为应税销售额，并在“3.1 其中：应税销售额”一栏中填写。