工程审计程序包括以下步骤：
1. 确定审计目标和范围：根据审计需求和客户要求，确定审计目标和范围，包括审计的时间期限、审计范围和审计目标等。
2. 审计计划的制定：根据审计目标和范围，制定审计计划，包括审计人员的分配、审计时间表、审计程序等。
3. 审计准备工作：进行审计前的准备工作，包括收集相关资料、了解审计对象的背景和历史、了解审计对象的内部控制系统等。
4. 审计程序的执行：根据审计计划和程序，对审计对象进行审计程序的执行，包括进行实地调查、进行文件分析、进行内部控制评价、进行风险评估等。
5. 审计结果的分析和总结：对审计程序的执行结果进行分析和总结，确定审计发现和问题，并提出建议和意见。
6. 编写审计报告：根据审计结果，编写审计报告，包括对审计对象的评价、审计发现和问题、建议和意见等。
7. 审计报告的审批和发布：对审计报告进行审批和发布，包括对审计报告的内容、形式和语言进行审查和修改，并确定审计报告的发布方式和时间。