员工三月入职，按照新的个人所得税法规定，应该采用累计预扣法计算个人所得税。具体操作如下：
1. 首先，按照员工的月薪计算出其应纳税所得额。
2. 根据员工的实际工作天数，计算出其当月的应纳税所得额。
3. 将当月应纳税所得额与前两个月的累计应纳税所得额相加，得到累计应纳税所得额。
4. 根据累计应纳税所得额查找个税税率表，计算出累计应纳税额。
5. 计算出当月应扣缴的个人所得税额，即当月应纳税额减去前两个月已经扣缴的个人所得税额。

需要注意的是，员工三月入职，前两个月没有工资收入，因此前两个月的累计应纳税所得额为0。