扣公积金的会计分录如下：

借：工资支出账户
贷：应付工资账户
贷：公积金账户

其中，工资支出账户和应付工资账户是成对出现的，代表公司支付给员工的工资金额。而公积金账户则是代表公司为员工缴纳的公积金金额。

例如，假设公司要支付给员工小张10000元的工资，其中公积金比例为10%。那么扣除公积金后，公司需要支付给小张的工资为9000元，同时还需要为小张缴纳1000元的公积金。那么对应的会计分录如下：

借：工资支出账户 9000元
贷：应付工资账户 10000元
贷：公积金账户 1000元

这样，在会计账簿中，就能正确记录公司的工资支出和公积金缴纳情况。