假设公司要缴纳公积金1000元，会计分录如下：

借：公积金支出账户 1000元

贷：银行存款账户 1000元

解释：
1. 公积金支出账户是支出类科目，用于记录公司缴纳公积金的支出。
2. 银行存款账户是资产类科目，用于记录公司银行账户的余额。
3. 借方金额等于贷方金额，保证会计分录平衡。
4. 公积金是企业为员工缴纳的一种社会保险，属于福利费用，应当计入成本。