在建工程是一个长期资产，一般会计科目设置如下：
1. 在建工程主科目：在建工程（固定资产类）
2. 在建工程的子科目：
（1）建筑物工程
（2）机械设备安装工程
（3）装修工程
（4）其他工程

以上是一种常见的设置方式，具体的设置方式还要根据企业的实际情况来确定。在设置时要注意科目的层次结构清晰，科目名称简明易懂，方便日后的会计处理和查询。同时，还要注意与其他相关科目的配合，如固定资产主科目、材料采购、人工工资等科目。