购买材料的代垫运费应当计入“材料成本”科目。具体操作步骤如下：
1. 在购买材料时，将材料成本和代垫运费分别记在两个不同的账户中。
2. 在材料成本账户中，只记录材料的成本，不包括代垫运费。
3. 在代垫运费账户中，只记录代垫运费的金额。
4. 在结账时，将代垫运费账户中的金额转移至材料成本账户中，这样就能够将代垫运费计入材料成本中。

总之，代垫运费应当视为材料成本的一部分，因此应当计入“材料成本”科目。