银行承兑汇票是一种特殊的票据，它在记账时应该分别计入以下科目：
1. 银行承兑汇票的借方应该计入“银行承兑汇票”科目，反映公司持有的银行承兑汇票的金额。
2. 银行承兑汇票的贷方应该计入“银行存款”科目，反映公司在银行中的存款金额。

需要注意的是，当银行承兑汇票到期时，如果银行按照承诺兑付了汇票，那么应该将“银行承兑汇票”科目中的金额转入“银行存款”科目中，同时计入“利息收入”科目，反映公司获得的利息收入。如果银行未能按照承诺兑付汇票，那么应该将“银行承兑汇票”科目中的金额转入“应收账款”科目中，反映公司未收回的款项。