当公司支付车船税时，应该按照以下步骤进行入账：
1. 首先，应该确认车船税的金额和支付方式，确保其符合公司的预算和财务计划。
2. 然后，将车船税的支付记录记入公司的现金日记账或银行日记账中，以记录公司的实际支出。
3. 接下来，根据车船税所属的会计科目，将支出金额记入相应的费用科目中。例如，如果车船税属于车辆运营成本，则应该将支出金额记入车辆运营成本科目中。
4. 如果车船税的支付方式为银行转账，则需要将银行流水记录与现金日记账或银行日记账进行核对，以确保支付记录的准确性。

需要注意的是，保险代交车船税的入账方式可能因公司的具体情况而有所不同，因此在进行入账时应该根据实际情况进行调整。同时，公司应该遵守相关的会计准则和法规，确保会计记录的准确性和合规性。