小规模纳税人在填写《增值税纳税申报表》时，需要在“本期应纳税额”一栏填写本期应纳税额，然后在“减征税额”一栏填写减征额。最后将两栏相减，填写在“本期实际应纳税额”一栏。具体填写方式如下：
1. 在“本期应纳税额”一栏填写本期应纳税额，即本期销售额减去本期购进额，并按照规定的税率计算出的应纳税额。
2. 在“减征税额”一栏填写减征额，减征额包括免税销售额、免税货物销售额、应税服务扣除项目、应税货物扣除项目等。
3. 将“本期应纳税额”一栏减去“减征税额”一栏，得出“本期实际应纳税额”一栏的数值。

注意：填写时应注意准确性，如填写错误可能导致税款缴纳不足或缴纳过多，影响企业正常经营。