商业电子承兑和银行电子承兑都是指在电子化环境下进行的承兑操作，但它们的主体、操作方式和应用场景有所不同。

商业电子承兑是指在商业活动中，由商业企业或其他商业主体通过互联网等电子渠道向供应商或其他商业伙伴发出的电子承兑凭证，用于确认商业交易的合法性和支付义务。商业电子承兑一般由商业主体自行发起和处理，具有灵活性和自主性，但承兑主体的信誉和资信状况对承兑的效力和可靠性有一定影响。

银行电子承兑是指在银行间进行的电子承兑操作，由银行作为中介机构，对客户的电子承兑申请进行审核、批准和支付等操作。银行电子承兑具有较高的安全性和可信度，但操作流程相对繁琐，需要客户提供较多的资料和证明文件。

因此，商业电子承兑和银行电子承兑的主要区别在于承兑主体的身份和操作方式，应用场景也有所不同。商业电子承兑适用于商业活动中的交易确认和支付，而银行电子承兑则更多地应用于跨境贸易和金融业务中。