制造费用结转是指将生产过程中产生的制造费用分配到制成品的成本中。结转后，如果制造费用的分配计算准确无误，那么期末制造费用的余额应该为零。

如果期末仍有制造费用的余额，那么可能是以下原因导致的：
1. 未结转完全：可能是因为在结转制造费用时漏掉了某些费用或者计算错误，导致没有完全结转。
2. 生产未完成：如果生产过程还未完成，那么制造费用就不能完全结转，会留有余额。
3. 调整凭证：如果在期末进行了调整凭证，可能会对制造费用的余额产生影响。

因此，如果制造费用结转后期末仍有余额，需要仔细检查原因并进行相应的调整。