小规模纳税人减免增值税需要在会计账簿中进行相应的处理。具体做法如下：
1. 在销售收入账户中，将应纳税销售额与免税销售额分别列示出来。
2. 在应交税金账户中，将应纳增值税与减免税额分别列示出来。
3. 在进项税额抵扣账户中，将可抵扣进项税额列示出来。
4. 在利润分配账户中，将减免税额转入利润分配账户中。

需要注意的是，小规模纳税人减免增值税的具体操作要根据税务部门的相关规定进行处理。同时，在做账时需要注意减免税额的正确计算，以确保账簿的准确性和合法性。