重复支付货款会导致企业账务混乱，需要及时处理。具体做法如下：
1. 确认重复支付货款的原因和金额，查明具体情况。
2. 在会计账簿中，将重复支付的货款金额从原来的支出账户中扣除，同时在应付账款中增加相应的金额。
3. 如果已经向供应商支付了重复货款，需要与供应商协商退回重复支付的金额，或者将其作为下一期的应付账款抵扣。
4. 如果货款被重复支付的原因是由于内部控制不当，需要及时调整内部控制制度，避免类似问题再次发生。
5. 在处理完毕后，需要及时进行会计核算和账务调整，并及时向上级主管部门汇报。