子公司独立核算和非独立核算的区别在于：
1. 独立核算：子公司在会计上独立核算，即将其作为一个独立的会计主体进行核算。这意味着子公司有自己的会计账簿和财务报表，可以独立进行财务管理和决策。独立核算的优点是能够更好地反映子公司的经营情况，为上级公司提供准确的财务信息。
2. 非独立核算：子公司在会计上不独立核算，而是与上级公司的其他部门或子公司合并进行核算。这意味着子公司的财务信息与其他部门或子公司的财务信息混在一起，难以准确反映子公司的经营情况。非独立核算的优点是能够节省会计处理成本，减少财务报表的数量。

总之，独立核算和非独立核算的选择应该根据实际情况进行判断。如果子公司的经营情况较为复杂，或者需要独立进行财务管理和决策，建议选择独立核算。如果子公司的经营情况相对简单，或者需要节省会计处理成本，可以选择非独立核算。