土地增值税清算允许扣除的税金包括：
1. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的不动产税；
2. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的城镇土地使用税；
3. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的房产税；
4. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的印花税；
5. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地使用权出让金；
6. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地出让金；
7. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地收益金；
8. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地使用权出让收益金；
9. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地出让收益金；
10. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地征收补偿款；
11. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地上的建筑物拆除补偿款；
12. 土地增值税应纳税所得额中已扣除的土地上的附属设施拆除补偿款。