企业注销时，如果应收应付账款有余额，需要按照以下步骤进行处理：
1. 对于应收账款余额，需要核实客户是否还有未结清的款项，如果有，应及时催收，将款项收回。如果客户已经无法联系或无力偿还，需要将其列为坏账，并进行相应的减值处理。
2. 对于应付账款余额，需要核实供应商是否还有未结清的款项，如果有，应及时与供应商联系，结清未付款项。如果供应商已经无法联系或无力收回，需要将其列为坏账，并进行相应的减值处理。
3. 对于应收应付账款余额无法核实或无法收回的情况，需要按照会计准则的规定，进行相应的减值处理，将余额计提为损失。
4. 最后，需要将应收应付账款余额在银行账户中进行清算，将余额转入企业的现金账户中，以便进行下一步的处理。

注销企业时，应按照税务和会计法规的要求，进行清算和结算，并及时向税务机关提交相关的注销申请和报告。